Më 14 tetor të vitit 1929, derisa po kthehej nga Prizreni në Zym, aty rreth muzgut, Shtjefën Gjeçovi u sulmua në një pritë nga xhandarët serbë. Me dhjetëra plumba u shkrepën mbi të. Vdekja ishte e menjëhershme. Vendimi për vrasjen e tij ishte marrë ne Beograd.
Nga viti 1921 Gjeçovi, në mënyrë të hapur dhe aktive, i ishte kundërvënë politikës serbe, e cila synonte deshqiptarizimin total të Kosovës. Kudo që shkonte e predikonte, Gjeçovi fliste hapur kundër kësaj politike. Ai ishte një intelektual tipik i Rilindjes Kombëtare, që besonte se feja ka vlerë vetëm për aq kohë sa i shërben mirëqenies së kombit.
Si një lexues pasionant i dijeve sociologjike të kohës, ai e dinte se identiteti i një kombi është kontratë me të parët e tij, një rigjetje e rrënjëve të tij të mbuluara nga stuhitë e historisë. Kështu, ai i vetëm i hyri një pune të madhe: gjetjes së këtyre rrënjëve.
Sapo përfundonte liturgjitë fetare, ai shndërrohej në arkeolog dhe etnolog, për t’u dëshmuar bashkatdhetarëve të tij dhe botës rrënjët evropiane të popullit shqiptar.
