Manastiri i Shën Naumit, i ndërtuar buzë liqenit të Ohrit, mbart një histori të lidhur ngushtë me kufijtë dhe artin e zonës së Pogradecit dhe Korçës. I themeluar rreth vitit 905 nga vetë Shën Naumi, i cili sipas traditës prehet në kishën e tij, ky objekt kulti pësoi shkatërrime dhe rindërtime gjatë sundimit otoman, ndërsa që nga shekulli i 16-të pranë tij ka funksionuar edhe një shkollë greke.
Nga viti 1912 deri më 28 korrik 1925, manastiri i përkiste Shqipërisë. Çështja e kufirit u zgjidh përmes një shkëmbimi territorial me Jugosllavinë, e cila refuzonte t’ia dorëzonte manastirin Shqipërisë me gjithë vendimin e Gjykatës së Hagës. Siç tregohet në kujtimet e Mehdi bej Frashërit, meqenëse Shën Naumi konsiderohej një shenjt sllav me rëndësi morale për atë popullsi, qeveria e Tiranës pranoi ta shkëmbente atë pas negociatave të zhvilluara mes dimrit të vitit 1924 dhe vitit 1925.
Përmes kësaj marrëveshjeje të ndërmjetësuar nga Komisioni i Kufijve, Shqipëria dorëzoi manastirin dhe mori në këmbim fshatin Peshkopi pranë Pogradecit, në rrëzë të Malit të Thatë, si dhe tokat e fshatrave Tushemisht, Podgoriçan dhe Halamja. Ky shkëmbim bëri që kufiri jugosllav të largohej 13 kilometra nga rruga e rëndësishme Korçë-Pogradec, e cila përndryshe do të ndodhej shumë pranë vijës kufitare.
Përtej historisë politike, manastiri ka gjurmë të forta të artit korçar. Ikonat e fronit, ku përfshihen ato të kryeengjëllit, Mëmës së Zotit Eleusa dhe Jezu Krishtit, u pikturuan në vitin 1711 nga piktori Konstandin nga Korça. Më vonë, më 13 qershor 1800, djali i tij, piktori Tërpo nga Korça, përfundoi pikturimin e kapelës së varrit, duke lënë një shkrim grekobizantin që dëshmon punën e tij nën drejtimin e hieromonakut Stefan.
